Ele começou sua carreira na Lazio ingressando na academia de juniores em 1985. Eles o testaram como atacante e meio-campista antes de nomeá-lo como zagueiro. Em 1993, ele assinou um contrato profissional e tornou-se jogador regular durante a temporada 1995-96, jogando um total de 28 partidas.
Em 1997, ele era capitão da Lazio e levou o time à Coppa Itália em 1998 e depois à Copa dos Vencedores das Copas em 1999. Em 2000, ele venceu a segunda Coppa Itália, conquistando o primeiro título da liga do clube desde 1974. Ele também ganhou o primeiro de quatro prêmios consecutivos de Defensor do Ano da Serie A naquela temporada.
No verão de 2002, mudou-se para Milão por 31 milhões de euros. Em dez temporadas lá, conquistou mais dois scudettos (2004, 2011), Copa da Itália (2003), dois títulos da Liga dos Campeões (2003, 2007) e do Mundial de Clubes da FIFA (2007).
Ao longo do caminho, ele fez 78 partidas pela Itália entre 1996 e 2006, embora tenha perdido a final da Copa do Mundo de 2006 devido a lesão.
Nesta deixou o AC Milan em 2012 e jogou pelo Montreal Impact por duas temporadas antes de ingressar no FC Chennaiyin por uma temporada antes de se aposentar em 2014. Em seguida, passou para a gestão do clube, liderando o FC Miami nas temporadas de 2016 e 2017.
